Meral Akşener, İçişleri Bakanlığı döneminde FETÖ’cüleri kritik noktalara yerleştirdi. Örgüt mensupları Türkiye’deki Gladyo faaliyetlerini yürüttü.
3 Kasım 1996’da Susurluk kazasının ardından devlet içindeki Gladyo mekanizması ortaya çıktı. Aydınlık dergisinde yayımlanan MİT raporunda ipuçları kamuoyuna yansımıştı. Kazanın ardından bu yapıyla ilişkisi gün yüzüne çıkan İçişleri Bakanı Mehmet Ağar istifa etti. Gladyo’nun devlet içindeki yapılanmasının tasfiyesi için bir fırsat doğarken Emniyet için tam tersi oldu.
Bu sürecin ardından İçişleri Bakanlığı’na getirilen Meral Akşener, emniyet teşkilatında kritik değişiklikler yaptı. Akşener’in ilk iş olarak tecrübeli bir istihbaratçı olan Emniyet İstihbarat Dairesi Başkanı Emin Arslan’ı görevden aldı. Arslan, Fetullahçı polislerin yükselmesine şerh koyan isimdi.
Akşener, Arslan’ın yerine ise Bülent Orakoğlu’nu göreve getirdi. Niğde’de Emniyet Müdürü olan Orakoğlu’nun vekaleten görevini sürdürmesi için Akşener, itirazlara rağmen özel girişimlerde bulundu.
Orakoğlu’nun Başkanlığı, FETÖ’cü polislerin İstihbarat Dairesi’nde rahat hareket edeceği bir ortam yarattı. FETÖ’nün emniyet içindeki A Takımı önce istihbarat dairede daha sonra diğer birimlerde kilit görevlere bu dönemde yükseltildi.
Bülent Orakoğlu’nun Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nın içine casus soktuğu da Onbaşı Kadir Sarmusak skandalı ile gün yüzüne çıktı.
28 Şubat 1997’de alınan MGK kararlarının ardından Akşener’in Emniyet’e yerleştirdiği FETÖ’cüler fitne başlattı. TSK’nın darbe yapacağı iddiaları gündeme taşındı. 26 Nisan 1997’deki MGK toplantı salonunda Akşener’in unuttuğu bir not, FETÖ’cülerin Genelkurmay’daki casusluk olayını açığa çıkardı. Söz konusu notta yazılı olanları gazeteci Sedat Ergin köşesine taşıdı.
Orakoğlu sadece Genelkurmay Başkanlığı’nı değil, Milli İstihbarat Teşkilatı’nı da takibe almıştı. MİT'e yapılan giriş ve çıkışlara ilişkin tespitler, plaka numaraları, isimler Akşener’in MGK toplantı masasında unuttuğu notta yer alıyordu.