Usulsüz bazı işlemleri nedeniyle hakkında YÖK tarafından daha önce soruşturma başlatıldığı belirtilen Bağlı’nın disiplin cezalarının da olduğu iddia edildi.

Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi’nden (NEVÜ) yapılan açıklamada görüşlerine yer verilen Bağlı, şu ifadeleri kullandı:

“15 Mart 2017 tarihinde Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip Erdoğan’ın tensipleri ile atanmış olduğum Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Rektörlüğü görevimden Yüksek Öğretim Kurulunun almış olduğu karar ile 26 Mart 2020 tarihi itibariyle ayrılmış bulunmaktayım. Bu süre zarfında görev yaptığım başta Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesindeki çalışma arkadaşlarıma, sevgili öğrencilerime ve kıymetli Nevşehir halkına şükranlarımı sunar teşekkür ederim.”