Silivri Cezaevinde bir süre tutuklu kaldıktan sonra tahliye edilen ve Almanya'ya dönen  hakkında 16 Temmuz'da "PKK silahlı terör örgütünün propagandasını yapma" suçundan 2 yıl 9 ay 22 gün hapis cezası verilmişti. Davaya bakan İstanbul 32. , Yücel'le ilgili kararın gerekçesini yazdı. 28 sayfalık gerekçeli kararda 1978'te kurulan PKK'nın, Türkiye Cumhuriyeti'nin Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgeleri ile Suriye, İran ve Irak topraklarının bir kısmını içine alacak şekilde MarksistLeninist ilkelere dayalı bir Kürt devleti kurma amacıyla, 1984 yılından beri öldürme, yaralama, soygun, gasp, yol kesme, köy ve karakol basma, kundaklama gibi birçok terör eylemi gerçekleştirdiği anlatıldı. Örgütün elebaşı Abdullah Öcalan'ın 15 Şubat 1999'da Kenya'da yakalanarak Türkiye'ye getirildiği, yargılanıp hüküm giydiği ve halen İmralı Cezaevinde cezasını çektiği anımsatıldı. Buna rağmen alt kuruluşları ile birlikle eylemleri günümüze kadar devam eden terör örgütünün, Suriye yapılanmasının  adıyla, PYD'nin silahlı yapılanmasının YPG, kadın yapılanmasının da YPJ adıyla eylem ve faaliyetlerini sürdürdüğü dile getirildi.

TERÖR ÖRGÜTÜNE ÖVGÜLER DİZDİ
gerekçeli kararda Deniz Yücel'in kanlı terör örgütünü yüceltme maksadıyla 19 Haziran 2016 tarihli yazısında "PKK'nın başkomutanı Abdullah Öcalan", "rütbeli bir PKK komutanı" şeklinde söylemler kullandığına dikkat çekildi. Yücel'in savunmasında, tercümenin hatalı olduğunu öne sürüp, yazıdaki "komutan" ibaresinin "şef" olarak çevrilmesi gerektiğini bildirdiği, ancak tercümenin "başkomutan" veya "şef" olarak yapılmasının suçun sübutuna etki etmeyeceği ifade edildi.

24 Temmuz 2016 tarihli yazısında ise Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nin terör örgütüne yönelik operasyonlarına "etnik temizlik" diyen Deniz Yücel'in, PKK/KCK yöneticilerinden Cemil Bayık ile yüz yüze yaptığı bir söyleşiyi kaleme alarak bu terör örgütüne meşru ve siyasi bir yapıymış izlenimi vermeye çalıştığı, terör örgütü elebaşılarının söylemlerini kitlelere yansıttığı vurgulandı. Yücel'in terör örgütünü ve örgüt mensuplarını öven; cebir, şiddet ve tehdit içeren yöntemlerini ise meşru gösteren ve bu yöntemlere başvurmayı teşvik edecek nitelikte ifadeler kullandığı, basın ve yayın yoluyla terör örgütünün propagandasını yapma suçunu işlediği kaydedildi.

CUMHURBAŞKANINA HAKARETTEN DE YARGILANACAK
gerekçeli kararda, ayrıca Deniz Yücel'in 15 Temmuz darbe girişiminden iki gün sonra yayınlanan yazısında, darbe girişimini 'nün yapmadığını savunması, 6 Kasım 2016 tarihli yazısında da Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanının, arkasında Türk Bayrağı olan fotoğrafı üstüne "Darbeci" şeklinde başlık atması nedeniyle, "FETÖ propagandası yapma" suçundan yargılandığı belirtildi. Ancak "silahlı terör örgütü propagandası yapma" suçunun oluşması için kişinin eyleminin terör örgütünün cebir, şiddet yada tehdit içeren yöntemlerini meşru gösterecek, övecek veya teşvik edecek nitelikte olması gerektiği, Yücel'in söz konusu yazısının ise bu nitelikte olmadığı,  gazetesinin Türkiye temsilciliğini ve yazarlığını yaptığı göz önüne alındığında eyleminin gazetecilik faaliyeti kapsamında kaldığı ifade edildi. Bu nedenle Yücel'in "FETÖ propagandası" suçundan değil de "Cumhurbaşkanına hakaret" suçundan yargılanması gerektiğine hükmedildi. Mahkeme heyeti, "hakaret" suçundan iddianame hazırlanması gerektiği yönünde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na suç duyurusunda bulundu.

DEVLETİ VE HÜKÜMETİ ALENEN AŞAĞILADI
Gerekçeli kararda Deniz Yücel'in, 26 Ekim 2016 tarihli Kürt vatandaşlarla ilgili yazısı ve 27 Ekim 2016 tarihli Osmanlı Devleti'nde Ermenilere soykırım yapıldığı iddialarından dolayı da "halkı kin ve düşmanlığa tahrik" suçundan yargılandığı belirtildi. Ancak bu suçun da oluşması için kamu güvenliği açısından açık ve yakın bir tehlikenin ortaya çıkması gerektiği, böyle bir durum olmadığından bu suçla ilgili de beraat kararı verildiği kaydedildi. Yücel'in Kürtler ve Ermenilerle ilgili yazıları nedeniyle "Türkiye Cumhuriyeti Devletini alenen aşağılama" suçundan yargılanması gerektiği vurgulandı.

Yücel'in yurt dışından mahkemeye gönderdiği yazılı savunmasında bile savunma kapsamı dışında ifadeler kullanıp, "Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini, Devletin yargı organlarını ve emniyet teşkilatını aşağılama" suçunu işlediği belirtilerek, savcılığa ihbarda bulunuldu.

ÖZEL UÇAKLA ALMANYA'YA GİTMİŞTİ
Deniz Yücel 14 Şubat 2017'de İstanbul'da gözaltına alınmış, savcılık bir yıl sonra Yücel hakkındaki soruşturmayı tamamlamıştı. İstanbul 32. Ağır Ceza Mahkemesi, 16 Şubat 2018'de savcılığın hazırladığı iddianameyi kabul edip, Deniz Yücel'i tutuksuz yargılamak üzere serbest bırakmış, Yücel Alman Konsolosluğunun tahsis ettiği özel uçakla Almanya'ya gitmişti.