1878 yılına kadar Harp Okulunda Erkanı Harbiye sınıflarında Fransız Eğitim Sistemi uygulanmıştır. 18771878 OsmanlıRus Harbinden sonra bu sistem terk edilmiştir.
Erkanı Harbiye sınıfının kuruluşundan 1874 yılına kadar Kurmaylık; Piyade, Süvari, Topçu gibi ayrı bir sınıf olarak kabul görmüştür. Bu tarihten itibaren kurmay sınıfından affını isteyip piyade veya süvari sınıflarında devamlı çalışmak isteyenlere, bir üst rütbe verilerek, piyade, süvari, topçu ve istihkam kurmayları diye adlandırılmaya başlanmış ve böylece sınıf ihtisaslarına önem verilmek istenmiştir.
09 TEMMUZ 1849’da yapılan sınavı başarı ile kazanan 5 subay Kıdemli Yüzbaşı (Kolağası) rütbesine yükseltilerek, Harp akademisinin ilk mezunu olma şerefine nail olmuşlardır. Bu subaylardan dördü Mareşalliğe kadar yükselmişlerdir.
1848 yılında Harp Okulu içinde “Erkanı Harbiye Sınıfları” adı ile kurulan Harp Akademisi, Esat Paşanın 1899 yılında Harp Okulu Öğretim Başkanlığı’na atanmasından sonra yeni bazı düzenlemeler yapılmıştır. O zamana kadar Harp Okulu’ndan "erkanı harp sınıfları" na geçen öğrencilere "erkanı harp" (kurmay) deniliyordu. Esat Paşa, bunu değiştirmiş, "erkanı harp namzedi" (kurmay adayı) şekline çevirmiştir. Bundan sonra Harp Akademisi öğrencileri kısaca "namzet" (aday) olarak anılmaya başlanmıştır. O zamana kadar Harp Akademisi’nin 15 kişiyi geçmeyen öğrenci sayısı, yine Esat Paşanın çabalarıyla kırka kadar yükseltilmiştir. Fakat, bu öğrencilerden ordunun ihtiyaç fazlası kısmına kurmaylık hakkı verilmemiş, bunlar "mümtaz" adı altında ve yüzbaşı rütbesiyle kıtalara çıkarılmışlardır.
18 Eylül 1899 günlü İkdam Gazetesi’nde çıkan bir haberde bu değişikliğin temel sebepleri ve uygulamanın nasıl olacağı konusu şu şekilde anlatılmaktadır: "Şimdiye kadar, Harbiye Okulu’nun en muvaffak mezunları kurmay sınıflarına ayrılıyor ve üç yıl eğitim gördükten sonra buradan otomatikman yüzbaşı olarak çıkıyordu...Yalnız bazı subaylar, kurmay sınıflarına ayrıldıktan sonra dersleri ihmal ediyordu. Diğer yandan, çok iyi derece alamamış olan Harbiye mezunları arasında da kurmaylığa yatkın kimseler bulunabilir. Bu sebeple nizamnamenin değiştirilmesi kararlaştırılmıştır... Bundan böyle şu usul tatbik edilecektir: Harbiye Okulu’ndan teğmen olarak mezun olanların en iyilerinden; sınıfın mevcuduna nazaran yüzde beş ile on arasında subay seçilecek ve onlara ‘kurmay namzedi’ namı verilecektir. Namzetler özel bir işaret olarak yakalarına sarı bir yıldız takacaklardır. Üç yıl süre ile derslerinde ve hareketlerinde muvaffak olamayan namzetler, sarı yıldızı muhafaza ederek ‘mümtaz subay’ sıfatını taşıyarak orduya katılacaklardır. Muvaffak olanlar ise kurmay yüzbaşı olarak okulu terk edeceklerdir. İki yıl kıtalarda staj gördükten sonra da kolağası rütbesine yükselecek ve genelkurmayda görev alacaklardır..."
1927 yılında mektebin adı “Harp Akademisi Müdürlüğü” olmuş ve bilahare Müdürlük unvanı Komutanlığa çevrilmiştir. İlk kez, 15 OCAK 1927 tarihinde öğretime açılan Yüksek Levazım Okulu, Levazım Üst Subay Kursu ve Levazım Okulu ile General ve Üst Subaylara mahsus Yüksek Komuta Kursu da Harp Akademisi’ne bağlandığından “Askeri Akademiler Komutanlığı” adı verilmiştir.
1937 yılında Hava Harp Akademisi kurulmuştur.
1948 yılından itibaren, Amerikan Eğitim Usulü kabul edilmiş ve öğretim metotlarında büyük değişiklikler yapılamaya başlanmıştır. İkinci Dünya Harbi’nde elde edilen denemelere göre, ihtisaslaşmaya geniş ölçüde yer verilmiş, Kuvvet Harp Akademileri birinci sınıfında bulunanlardan başlayarak, “Harekat Kurmayı” ve “İkmal Kurmayı” yetiştirilmeye başlanmışsa da iki yıllık denemeden sonra bu uygulamadan vazgeçilmiştir. MART 1949’dan itibaren Akademilere “Harp Akademileri Komutanlığı” adı verilmiştir.
19491950 öğretim yılından itibaren 3 yıl olan Akademi öğrenimi 2 yıla indirilmiştir.